《制度儒學(xué)》反思了近代以來，特別是新儒家將儒學(xué)窄化為心性之學(xué)的缺失，主張以精神理想和現(xiàn)實制度相結(jié)合的方式來審視儒家的本來面目和未來發(fā)展空間，書中有三個中心議題，其一是儒家與中國傳統(tǒng)的政治制度和社會秩序之間的關(guān)系；其二是以康有為和孔教會為中心討論儒家在近代中國如何面臨制度化解體和重建的復(fù)雜進(jìn)程；其三則是通過批林批孔等典型事例的分析，討論儒家與現(xiàn)代中國政治和社會變革的關(guān)聯(lián)，思考如何重建儒家與中國人生活的關(guān)系。《《制度儒學(xué)》》認(rèn)為儒家應(yīng)該在未來中國的發(fā)展中發(fā)揮應(yīng)有作用，且中國人在進(jìn)行制度創(chuàng)新和價值重建的過程中，必須充分吸收儒家的資源。而傳統(tǒng)與現(xiàn)代、激進(jìn)與保守的二元對立，是達(dá)成儒家價值重生、實現(xiàn)民族復(fù)興的思想基礎(chǔ)。
